Síguenos ...

  • Twitter FacebbokFlickrYouTube CESGA

Servizos PYME's

  • Servicios para Empresas

díxitos Decembro

  • díxitos Decembro 2017

  • CESGA ICTS

Aplicacións

Migrate

Versións dispoñibles:

SVG

  • 3.2.16

Descrición


Migrate estima tamaños de poboación efectiva e índices de migración pasados entre n poboacións asumindo un modelo de matriz de migración con índices de migración asimétricos e diferentes tamaños de subpoboación. Migrate utiliza máxima similitude ou inferencia Bayesiana para estimar conxuntamente todos os parámetros. Utiliza os seguintes tipos de datos: secuencia de datos utilizando o modelo Felsenstein's 84 con ou sen variación da taxa de sitio, single nucleotide polymorphism data, datos de microsatélites utilizando un modelo de mutación por pasos ou un modelo de mutación brownian motion, e datos de electroforese utilizando un modelo "allele" infinito. A saída pode conter: Estimación de todos os índices e tamaños de migración, asumindo índices de migración constantes entre loci ou unha distribución gamma do índice de migración entre loci. Perfil das táboas de similitude, percentís, test do índice de similitude, e simples gráficos das superficies logarítmicas de similitude para todas as poboacións e todos os loci.

Guía de uso


VERSIÓN 3.0.3 e 3.1.6

As versións 3.0.3 e 3.1.6 están instalada no Finisterrae e no SVGD soamente a 3.1.6.

Finisterrae:

Hai instaladas dúas versións (serie e paralelo) de Migrate-3.0.3 e Migrate-3.1.6.

  • Para utilizar a versión serie é necesario cargar o módulo correspondente:

module load migrate/3.0.3 ou module load migrate/3.1.6

- Para executar en interactivo

migrate-n parmfile.test

- Para enviar o traballo ó sistema de colas (en caso de que teña requirimentos elevados de memoria ou tempo de execución) é necesario escribir un script, por exemplo run.sh

#!/bin/bash
module load migrate/3.0.3 (ou module load migrate/3.1.6)
migrate-n parmfile

onde parmfile é un ficheiro cos parámetros a introducir.

Débese empregar o comando qsub:

qsub -l num_proc=1,s_rt=00:30:00,s_vmem=4G,h_fsize=4G run.sh
  • Para usar a versión paralela é necesario cargar o módulo correspondente:

module load migrate/3.0.3-mpi ou module load migrate/3.1.6-mpi

Para execucións en paralelo é necesario enviar o traballo ó sistema de colas, para iso hai que escribir un script, por exemplo run.sh

#!/bin/bash
module load  migrate/3.0.3-mpi   (ou module load migrate/3.1.6-mpi)
mpirun -np 7 migrate-n.MPI parmfile -nomenu

onde parmfile é un ficheiro cos parámetros a introducir.

Débese empregar o comando qsub:

qsub -l num_proc=1,s_rt=00:30:00,s_vmem=4G,h_fsize=4G -pe mpi 7 run.sh

 

SVGD:

 

Só está instalada a versión Migrate-3.1.6

Para usar este programa é necesario cargar o módulo correspondente:

module load  migrate/3.1.6

- Para executar en interactivo

migrate-n parmfile.test

- Para enviar o traballo ó sistema de colas (en caso de que teña requirimentos elevados de memoria ou tempo de execución) é necesario escribir un script, por exemplo run.sh

#!/bin/bash
module load  migrate/3.1.6
migrate-n parmfile

onde parmfile é un ficheiro cos parámetros a introducir.

Débese empregar o comando qsub:

qsub -l num_proc=1,s_rt=00:30:00,s_vmem=2G,h_fsize=4G run.sh

 

Para execucións en paralelo é necesario enviar o traballo ó sistema de colas, para iso hai que escribir un script, por exemplo run.sh

#!/bin/bash
module load migrate/3.1.6
mpirun -np 7 migrate-n-mpi parmfile -nomenu

onde parmfile é un ficheiro cos parámetros a introducir.

Débese empregar o comando qsub:

qsub -l num_proc=1,s_rt=00:30:00,s_vmem=4G,h_fsize=4G -pe mpi 7 run.sh
 

URL Manual

Soporte


Ante calquera dúbida ou problema co uso deste paquete de software diríxase a aplicacions@cesga.es