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Aplicacións

PHYML

Versións dispoñibles:

FinisTerraeII

  • 3.1

Descrición


Un algoritmo simple, rápido y preciso para la estimación de grandes filogenias mediante probabilidad máxima. PHYML es un software que permite la construcción de filogenias desde secuencias de ADN y proteinas mediante un nuevo método de probabilidad máxima. Los conjuntos de datos pueden ser analizados usando varios modelos de evolución (JC69, K80, F81, F84, HKY85, TN93 y GTR para nucleótidos y Dayhoff, JTT, mtREV, WAG, DCMut, RtREV, CpREV, VT, Blosum62 y MtMam para amino ácidos). Adicionalmente dispone de un modelo gamma-discreto (Yang, 1994) para la descripción de variaciones de indices entre sitios. También permite tener en cuenta sitios invariables. Se ha comparado PHYML con varios otros programas usando simulaciones extensas. Los resultados indican que la precisión topológica es al menos tan alta como la de fastDNAml siendo mucho más rápido.

Guía de uso


PHYML versión 2.4.4 está instalado en el SVGD en el directorio: /opt/cesga/phyml Este directorio a su vez contiene los siguientes subdirectorios: example: Caso ejemplo exe: Directorio donde reside el ejecutable usersguide: Guía de uso Para su uso se recomienda la ejecución previa del siguiente comando: source /opt/cesga/phyml/setup que habilita las variables de entorno necesarias para la ejecución del comando "phyml" Ejemplos de uso: phyml seqs1 0 i 2 0 HKY 4.0 e 1 1.0 BIONJ y y phyml seqs2 1 i 1 0 JTT 0.0 4 1.0 BIONJ n n

URL Manual

Soporte


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